15年來，MIB探員J經歷過各種詭異的遭遇，與無數醜八怪異形交手。不過，他卻一直無法參透沉默寡言的K探員難以捉摸的心思。 如今眼前迫切的危機，不但直接威脅到探員K性命，還關係著人類未來的存亡。然而唯一的解決辦法，就是回到過去，重寫歷史，阻止已經發生的危機。 而牽動一切危機的關鍵，就是找到探員K那段深藏多年、不為人知的秘密...於是，探員J找到了"Young版"探員K(喬許布洛林飾)，兩人再次攜手扭轉未來。