おとぎの国を舞台に、心優しき怪物シュレックの活躍をパロディ満載で描いた大ヒットCGアニメの第3弾。幸せな新婚生活を送っていたシュレックとフィオナ姫だったが、フィオナ姫の父であるハロルド国王が病に倒れ、後継者としてシュレックが指名されてしまう。国王になどなりたくないシュレックは、もうひとりの王位継承者アーサーを探す旅に出る。その頃、王座を狙うチャーミング王子は、おとぎ話の悪役たちと共に王国を乗っ取ろうとしていた……。