「時をかける少女」の筒井康隆による同名SF小説を「千年女優」「東京ゴッドファーザーズ」のアニメーション監督今敏が映画化。表の顔は精神医療研究所に勤めるセラピー機器の研究者、裏の顔は“パプリカ”というコードネームを持つセラピスト千葉敦子は他人の夢をスキャンすることが出来るというセラピー機器“DCミニ”を使い、日々患者の迷える心をケアしていた。だがある日、その“DCミニ”が何者かによって盗まれてしまう……。