《南島起源》節目內容包含六大主題「南島語言」、「古法造船」、「製陶工藝」、「拍刺紋身」、「樹皮製布」、「傳統建築」，國家地理製作團隊前往臺灣、紐西蘭，菲律賓，印尼，復活節島，斐濟，東加王國等七個地區進行拍攝，以生動的影像、深度的文化探討觀點、科學跡證的追尋，探索南島語族從臺灣遷徙與擴散的情形以及文化連結。