岩井俊二監督が初の長編アニメーション監督に挑んだ作品で、2004年に公開された実写映画「花とアリス」の前日譚となる物語。前作で主人公の2人を演じた鈴木杏と蒼井優がそのまま今作でも声優を務め、2人の少女の出会いを描いた。石ノ森学園中学校へ転校してきた中学3年生の有栖川徹子（アリス）は、1年前の3年1組で起こった「ユダが、4人のユダに殺された」という奇妙な事件の噂話を耳にする。アリスの隣の家は「花屋敷」と呼ばれ、近隣の中学生に怖れられていたが、そこに住むハナという人物がユダについて詳しいはずだと教えられたアリスは、花屋敷に忍び込み、そこで不登校のクラスメイト・荒井花（ハナ）と出会う。