故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。