โคนัน และ ชูอิจิ อากากิ ได้ขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์เพื่อไปร่วมงานมหกรรมกีฬาระดับโลก ทั้งสองคนพบคดีลึกลับ และช่วยกันไขคดีปริศนาที่เกิดขึ้นบนรถไฟขบวนนี้