「スター・ウォーズ」シリーズの新3部作「エピソード2／クローンの攻撃」と「エピソード3／シスの復讐」の間に位置する“クローン戦争”を描いた長編CGアニメーション。ドゥークー伯爵率いる分離主義勢力とジェダイを擁する共和国との間に勃発したクローン戦争が激化する中、ジェダイのアナキン・スカイウォーカーは彼のパダワンであるアソーカと共に重要な任務へと向かう。やがて彼らは犯罪組織の首領ジャバ・ザ・ハットに出会い……。