世界中の子供たちから愛され続けているイギリスの人気番組「きかんしゃトーマス」の劇場版。ある日トーマスは、ソドー島の山奥で忘れられた街を発見。島の記念日までに街を復旧させることになり、新しい機関車スタンリーがトーマスたちを手伝いにやってくる。瞬く間に島の人気者となったスタンリーにやきもちを焼いたトーマスは、彼にいたずらを仕掛けるが失敗。仲間の信用を失ってひとりぼっちになってしまい……。