コートニー、エプリル、モニカの3人は、天使のような顔に、プレイメイツも顔負けの完璧ボディを持ったスーパー女子高生。学校ではチアリーディング部で活躍し、学園のアイドル的な存在だが、放課後は柔術の達人Mr．Hiroshiの下で修行を重ねた“ニンジャ★チアリーダー”として、数々の難事件を解決しているのだった。そんなある時、Mr．Hiroshiが何者かに誘拐され……。