定職のない人形使いのクレイグは、新聞の求人欄を見てマンハッタンにあるオフィスビルの7と1/2階にある小さな会社に就職する。文書整理の仕事を得た彼は、ある日落としたファイルを拾おうとキャビネットを動かし、偶然壁に小さなドアを発見する。ドアを開けて穴の中に入った彼は、それが俳優ジョン・マルコヴィッチの脳へと続く穴であることに気付く。