全世界で累計3000万部を発行する「科学漫画サバイバル」シリーズを劇場アニメ化。ナノサイズに縮小できる人体探査機「ヒポクラテス号」に乗り込んだジオとノウ博士を、ピピがうっかり飲み込んでしまう。巨大な歯につぶされそうになるのを必死で避けながらピピの体の中に流れ込んだ2人は、胃から腸へと向かって脱出を目指す。ところがトラブル続きで脱出不可能な絶体絶命の大ピンチに。さらに、ピピが突然苦しみ始めて……。原作は、人体や自然災害、宇宙、AIなど毎回さまざまなテーマを取り上げながら、主人公のジオをはじめとした子どもたちが知恵と勇気をしぼって困難に立ち向かう姿を描き、愉しみながらさまざまな科学知識が身につくと評判のオールカラー科学漫画。声の出演は松田颯水、潘めぐみ、石田彰、岩崎ひろしらに加え、ノウ博士の所属する研究所の所長役に竹中直人。特撮コメディ「がんばれいわ!!ロボコン　ウララ～！恋する汁なしタンタンメン!!の巻」および短編アニメ「スプリンパン　まえへすすもう！」が同時上映。