負責醫治地球的異世界「元氣花園」被企圖用疾病侵蝕地球的敵人「病根之人」襲擊而陷入危機，地球亦陷入危機之中。 為了挽救這個危機，順利逃走的3隻「地球實習醫生」的「元氣精靈」們，帶著藏有神秘力量的元氣花園的公主拿鐵，前來地球尋找搭檔。 三名普通少女與「元氣精靈」相遇，變身成光之美少女，向「病根之人」宣戰。 為了保護感應到「病根之人」的攻擊而失去生機的拿鐵、重要的地球、還有在這裡生長的所有生命，光之美少女們將結合所有力量，治療地球！ 「光之美少女」療程開始！