在薩托無能為力的情況下，尅娜蓋策劃了一個計劃。然而，在這一計劃得以實現之前，它已經開始在接縫處裂開，AA金極端主義者行動起來，薩托可怕的真實形式變得眾所周知。第二波“淨化”開始，石丸、櫻井、甲斐、李等要員按照暗殺名單的順序相繼殞命。面對恐怖分子的囂張氣焰，日本政府擺出了決不妥協的強硬姿態，勢要和恐怖主義抗爭到底。警察、對亞特選群、自衛隊、美國國防總省以及亞人管理委員會工作人員戶崎和高中生亞人永井圭全部被捲入這一系列事件中。身為亞人的恐怖主義者佐藤計劃結束第二波“淨化”後，馬上展開第三波恐怖活動。圭仔細推敲著佐藤的策略，終於發現其中不易察覺的破綻。史上最強大最為凶惡的恐怖主義，他們真正的目標究竟是什麼？