天空之城」是一懸空城市，由早已絕跡地球的神秘族類所創建。傳說那裏藏著大量寶藏及財富，因而引來以杜娜為首的海盜誓死爭奪；同時政府軍麥瑞勤亦受命追查城中是否存在著統治地球的神秘力量。兩幫人同時追蹤懷有一顆飛行石的女孩茜黛，力求揭開「天空之城」之謎。正當茜黛置身危急時刻，突然為少年柏斯所救，兩人一見如故，共同經歷了一段驚險旅程…