故事背景時間設定在西元 2045 年，地球上因為外來物種「伊洛斯」侵略，已經幾乎沒有人類存在，人類在宇宙建立新的住所（分別為「宇宙殖民地」、「月冠」與「火星共同體」），只有就讀神樹峰女子學園的 19 位少女和 4 位老師擔任著星守者們的工作，聯同「星之方舟」保護著這個星球。玩家扮演神樹峰女子學園的新任教師，教導星守班的學生們成長，培育學園的學生來對抗外來物種。