在地球與宇宙間的衝突於殖民後195年聖誕前夜結束後，地球與殖民地聯合在了新成立的地球圈統一國家旗下，走上了完全和平的道路。殖民後196年聖誕前夜，除五飛外，希洛等四位鋼彈駕駛員決心把鋼彈送往太陽丟棄。然而，就在全世界都在慶祝聖誕之時，地球圈統一國家直屬的維和組織「預防者」卻在L3宙域發現了戰爭的火種：用於製造新型機動戰士的裝甲材料--新鈦合金。 巴頓財團的領袖以及流星作戰原計劃的主謀，德基姆·巴頓，利用前OZ統帥特列斯之女瑪麗梅雅作傀儡領袖成立軍隊，以新建殖民地L3 X-18999為基地，同時綁架擔任地球外交官，前往X-18999訪問的莉莉娜作人質。德基姆企圖利用新型機動戰士「毒蛇」以及X-18999殖民地實行真正的流星作戰--通過殖民地落下使地球圈陷入混亂，再利用機動戰士進行武力鎮壓。鋼彈機師們不得不分頭行動：卡特爾駕駛太空梭，前去取回即將被送入太陽的鋼彈；而希洛與迪歐進入殖民地化解危機。然而，擋在兩人面前的，卻是已加入瑪麗梅雅軍的五飛與特洛瓦...