2013年，居住在理想都市「NO.6」的少年紫苑，在9月7日迎接自己的第12個生日。不過，這同時也是改變他命運的一天。他和從「矯正設施」中逃出來、身為重大犯罪者的謎之少年老鼠相遇了。他窩藏老鼠的行為被治安局發現，令他和家人從高級住宅區「克洛諾斯」被驅逐至「下城」。四年後，由於謎之事件的影響，被捲入各種各樣的事件中，和很多人相遇。然後知道了理想都市背面的現實，及理想都市NO.6所隱藏的本質與意圖……