《機動戰士鋼彈SEED FREEDOM》故事延續「自然人」與「調整者」之間的矛盾與衝突，時間來到C.E.(宇宙紀元)75年，儘管自然人與調整者雙方都付出龐大犧牲之後，戰事仍未能停歇，各地接連爆發獨立運動與「藍色宇宙」策畫的侵略行動等等事件，紛亂不止，為了平息紛爭，已拉克絲為首任總裁的世界和平監視機構「羅盤」就此創立，煌等人作為組織成員開始主動介入各地的戰爭，就在此時，新興國家：「基金國」提倡以聯合作戰的形式進攻藍色宇宙總部，這場戰事是否能為宇宙和平重新帶來希望？