在Zi行星有一群被稱為機械獸的金屬生物體，機械獸有些擁有驚人戰鬥力，但牠們必需得到由特別發電機產生的紅色凝膠才可運作。該行星在古代曾經存在超高科技文明，卻發生一場被稱為「眾神之怒」的災難毀滅Zi行星的所有文明，當時有一部份人類逃到天空上建立天空之都。殘留在地上的人類失傳那些超高科技，經過許多世代後，古代的事件和天空中的人變成傳說，而現今人們找到的機械獸就是古代文明的遺物。
某天一個名叫迪加魯特的帝國在十多年前與天空之都訂立條約取得天空之都的科技生產機獸，然而迪加魯特開始變得強大積極侵略其它的國家。故事主角路吉住在美洛都村，村民從水中打撈出一隻名叫村雨長牙獅的機械獸。不久迪加魯特帝國軍前來襲擊美洛都村，路吉雖然成功操控村雨長牙獅擊退迪加魯特帝國軍。可是村民依賴的樹狀發電機被迪加魯特帝國軍給破壞。路吉為了使美洛都村可以繼續存在，他與擁有機獸的勒金(國家被迪加魯特帝國給毀滅的基特藩國的前任國王)和蕾美(國家被迪加魯特帝國給毀滅的基特藩國的前任公主)離開村莊到處找尋懂得修理發電機的技師。路吉在尋找發電機技師的旅途上遇到可度娜、加拉加等同伴，也目睹更多迪加魯特帝國軍的侵略行徑。後來路吉明白即使找到懂得修理發電機的人，迪加魯特帝國軍一定會再次侵略美洛都村，只要迪加魯特帝國軍的侵略永不停止，全世界就不會獲得永久的和平。路吉因此決定要打倒迪加魯特為首要目標要讓全世界恢復和平的秩序，眾人決定將由勒金成為討伐軍地領導人並且號召各地反迪加魯特帝國的志士與人民加入他們組成討伐軍展開全面抗爭。後來路吉等人發現天空之都其實是為了取得紅色凝膠而跟迪加魯特帝國展開交易，同時採取一些措施防止迪加魯特對己方構成威脅，但是他們派遣到迪加魯特的人竟然會叛變發動攻擊毀滅天空之都。於是路吉等人與對抗迪加魯特帝國的戰鬥即將展開。
