東京灣海底突然發生爆炸，總理輔助官赤坂（竹野內豐 飾）等保守派官員認為是自然災害造成；唯副長官矢口（長谷川博己 飾）卻指出海中可能有巨型生物。突然，巨獸「哥斯拉」登陸東京灣，對新宿、澀谷、鐮倉一帶大肆破壞，全國陷入恐慌。國際對事件關注，美國派出特使加代子（石原里美 飾）前往當地介入，她卻要求尋找一位能源部的失蹤教授。日本出動海陸空自衛隊，準備與哥斯拉決一死戰，卻發現哥斯拉體內有大量輻射，可能引爆新一次核危機…