綠色草原，是個能夠使人和神奇寶貝都心境安寧的地方，在這裡住著秀力博士和他的女兒小美，有一天，秀力博士在遺跡裡研究神秘神奇寶貝-未知圖騰的時候，不小心被吸進異次元內，小美十分思念父親，沒想到竟因此喚醒了未知圖騰。未知圖騰將小美的心靈以結晶化呈現，最後更創造出小美最喜歡的傳說神奇寶貝-炎帝，小美因此誤以為爸爸變成炎帝的模樣回來了，炎帝為了實現小美的心願，並充當他的爸爸。小智的媽媽和秀力博士是舊識，因為擔心小美而趕來，在這碰到剛結束對戰來到這裡休息的小智他們。沒想到炎帝卻從結晶塔中出現，將小智的媽媽暫時催眠，強行帶走。得知整件事情的經過後，小智等人於是並決定前往結晶塔，救出小智的媽媽，並讓小美脫離那裡.....