這是《福音戰士新劇場版》的第四部，也是最終版。美里以及她的反 NERV 组織 Wille 來到巴黎，這裡被核心染成红色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有 720 秒能修復這個城市。NERV 的福音戰士群出現時，真理的 EVA 改八號機進行攔截。與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。