故事主怎是一個名叫小智的男孩，今年剛滿10歲，住在真新鎮中，與母親相依為命。原來在那裡，任何人只要一滿十歲，就可以獲得神奇寶貝使用執照，並從神奇寶貝博士大木博士手中領取一隻神奇寶貝。小智為了要成為一流的神奇寶貝大師，而必須踏上修行的旅程接受考驗，不料出發的當天，小智卻因為睡懶覺而誤了時間，比其他人晚了一步，好不容易從博士那裡領來沒人要的「皮卡丘」，誰知「皮卡丘」卻難以照料又特別固執。就在前往下一站常盤市的途中，他們遇上了麻煩！皮卡丘被野生神奇寶貝襲擊，危在旦夕……成功是必須靠團隊的努力與默契……就這樣，小智和皮卡丘就此展開他們艱辛的冒險旅程……