在一座落於太平洋的孤島「龍宮島」上，島上的少年們在好奇心的驅使之下轉開收音機，聽到了未知者發出的聲音：「你，在那裡嗎？（あなたはそこにいますか……）」。 在數年後的西曆2146年，龍宮島再次響起那把聲音。有著金色外表、由矽所構成的未知生命「異界體（Festum）」襲擊了龍宮島，一口氣摧毀了眼前的和平。 真壁一騎是個生長在日本而言十分鄉下的龍宮島上的少年──對他來說，像這樣的和平是普通到不能在普通的。但當異界體開始攻擊龍宮島時，他才開始注意到他現在所擁有的和平生活不過只是個被創造出來的假象。 為了取回自己的和平生活，他和同伴開始一起搭乘人類所創造出來的巨大兵器·法夫納（Fafner）和異界體戰鬥──在激戰的彼端，等待著他的是……