故事敘述主角的哥哥林肯·布魯斯（Lincoln Burrows）被誣陷殺害副總統之弟，被判處死刑並將於不久後執行。麥可·史考菲（Michael Scofield）得知其兄的冤情後，秘密策劃了一套詳盡可行的計劃，欲幫助林肯出獄。誰知道一連串陰謀不斷發生在他們及其身邊的人的身上。