明石藩主(稻垣吾郎)無惡不作，強姦部屬的媳婦、砍下農民頭當球踢、用箭射穿小孩、斷人手腳及割舌頭，種種不堪行為，令人髮指。島田新左衛門收到密令，招集十三位刺客(役所廣司為刺客首領)，前往暗殺明石藩主。十三刺客迎戰三百重兵，幕末最悲壯的革命就此展開。