Insinyur dari seluruh dunia telah berkumpul di laut dekat pulau Hachijo-jima, Tokyo untuk operasi skala penuh "Pacific Buoy". Sebuah fasilitas lepas pantai untuk menghubungkan kamera keamanan yang dimiliki oleh pasukan polisi di seluruh dunia. Pengujian teknologi baru yang menggunakan sistem pengenalan wajah. Sementara itu Conan dan Detektif Boys mengunjungi Hachijo-jima atas undangan Sonoko dan menerima panggilan telepon dari Subaru Okiya (mahasiswa pascasarjana teknik di Universitas Metropolitan Tokyo, yang juga agen FBI Shuichi Akai dan anggota organisasi berjubah hitam Rye) memberi tahu mereka bahwa seorang karyawan Europol dibunuh di Jerman oleh Jin dari Organisasi Hitam. Conan yang resah memutuskan untuk menyelinap ke fasilitas tersebut & menemukan bahwa seorang insinyur wanita telah diculik oleh Organisasi Hitam. USB drive berisi informasi rahasiapun kini ada di tangan organisasi hitam... Bayangan hitam juga mendekat dan mengancam Ai Haibara…