「我要打倒的物件——還在這個城鎮裏。」   少年選擇了自己的信念，以及保護少女。   魔術師〈御主〉與英靈〈從者〉以許願器「聖盃」爲中心，展開的戰鬥——「聖盃戰爭」。睽違十年，在冬木市展開的戰爭，由於「御三家」之一的間桐髒硯參戰，而漸漸開始盤根錯節、偏離軌道。髒硯召喚出的從者是真Assassin。身分不明的黑影，在城鎮中肆虐，御主和從者接連倒下。

以御主身份參戰的衛宮士郎，不但再度身受重傷，甚至失去了從者Saber。可是，士郎爲了保護櫻，並不打算從此退出戰爭。櫻雖然非常擔心士郎，卻又無法逃離魔術師的命運…  

「我答應妳，我會……」 他下定決心，絕不會背叛她。  

少年與少女由衷的企盼，即將被那黑影抹煞……