「伽瑪（Gamma）星雲第58號行星·宇宙侵略軍特殊先鋒部隊隊長」Keroro軍曹，為了要進行征服藍星（劇中設定為全宇宙對地球的稱呼，但地球人除外。漫畫版原文為「ポコペン」，因帶藐視之意而在日本境內為禁播的詞彙，在動畫版中改為「ペコポン」。香港有線電視版本直接翻譯為地球。）前的準備工作，而潛入日向家。但卻輕易的被冬樹和夏美擄獲，侵略用武器Kero球也落入冬樹手中。其後，侵略總部以將有被發現的危險性為由，緊急撤離地球，留下了在藍星的先鋒部隊。於是，Keroro軍曹開始了隸屬於日向家的生活。隨後軍曹的部下們—「雙重人格」Tamama二等兵、「燃燒鬥士」Giroro伍長、「電腦系」Kururu曹長、「暗殺兵」Dororo兵長和「恐怖大王」安哥爾·摩亞也相繼登場……。 原先在1998年連載前的短篇中，設定為夏美從祖母手上接收了一隻異常大隻的蝌蚪，並把夏美的友人嚇了一跳，而蝌蚪雖然聲明自己只是落難於地球的外星人，但實際上前來探查並準備侵略地球的故事，而這個故事在原作225話和232話中作了延伸與後續的交代。