1942年。第二次大戦下のヨーロッパ戦線で、連合軍はドイツの高性能潜水艦Uボートと暗号器「エニグマ」によって翻弄され、甚大な被害を受けていた。事態の打開のため、米海軍の巡洋潜水艦S-33にある極秘指令が下される。それは大西洋に停泊しているUボート、U-571を奇襲し「エニグマ」を奪取するというもの。だが作戦が成功したかに思えた瞬間、S-33は敵の援軍から撃沈され、辛うじて生き残ったタイラーら数人のS-33乗組員はU-571に閉じ込められてしまう。