国内発行部数が累計1000万部を突破するベストセラー学習漫画「科学漫画サバイバル」シリーズの劇場アニメ化第2弾で、原作漫画で最も発行部数の多い「深海のサバイバル」を映画化。深海調査のため潜水艇アンモナイト号に乗り込んだジオ、ピピ、コン博士だったが、水深数千メートルの深海を目指す途中、メタンガスの泡に巻き込まれアンモナイト号が故障。海上のケイとも連絡が取れないばかりか、巨大なダイオウイカとマッコウクジラに襲われ、ジオがはぐれてしまう。ピピとコン博士はジオ救出に向かうが、アンモナイト号のエネルギーは残りわずか。一方、はぐれたジオは、真っ暗な海底で深海生物に取り囲まれていた。前作「人体のサバイバル！」に続き、声の出演はジオ役に松田颯水、ピピ役に潘めぐみ、ケイ役に石田彰。東大卒クイズ王としてさまざまなクイズ番組やバラエティ番組で活躍する伊沢拓司が、潜水艇をモニターする海洋調査船のオペレーター役で声優に初挑戦した。東映の子ども向け映画興行「東映まんがまつり」で、「映画おしりたんてい　スフーレ島のひみつ」と2本立て上映。