人気テレビアニメ「ポケットモンスター」の劇場版第1作。幻のポケモン、ミュウの化石から人工的に作り出されたミュウツー。コピーである自らの存在意義に苦悩する彼は、いつしか人間に対する復讐を考えるように。一方、ポケモンマスターを目指して旅を続けるサトシたちのもとに1通の招待状が届くが、それはミュウツーが仕組んだ罠だった。ミュウツーはあらゆるポケモンの優れたコピーを生産することにより、地球を支配しようとしていたのだ。そうとも知らず、嵐の海を渡って会場のポケモン城に辿り着いたサトシたちは、強大な力を持つミュウツーにポケモンたちを奪われてしまう。俳優の市村正親がミュウツーの声を担当。監督はテレビ版の総監督を手がける湯山邦彦。2019年にはフル3DCGによるリメイク作品「ミュウツーの逆襲 EVOLUTION」が製作された。