哆啦A夢跟大雄用「時空洞」，抓到了一隻很大的滅絕的鳥，牠的名字叫做莫亞。大雄不忍心將牠回到古代後要面臨絕滅，於是把牠帶到專門收容絕滅動物的「貝雷加蒙島」（原文：ベレーガモンド島），也就是這次的冒險舞台。 這個陌生的島嶼，擁有「黃金獨角仙（黃金海格力斯）」所守護的不可思議力量，可以令古代生物得以繼續生存至今，因而被哆啦美稱為「奇蹟之島」。它同時是一個受未來人監管和研究的生態公園，要到那裡就必須要由當地的專業嚮導安排。然而，在該處研究的絕種動物學家凱莉博士（ケリー博士）的冒失助手剛之助（ゴンスケ）在前往大雄家的途中，卻弄錯時空，誤把三十年前，兒時的大雄爸爸帶到生態公園去了