因為相信雲上有天國存在的大雄，去圖書館找資料（全都是神話故事），後來想離家出走，去找天國，目前要令哆啦A夢擔心他，後來哆啦A夢和大雄在雲上建造一個自己理想中的國家，並且在朋友們的協助下完成了王國。但是，某天在氣流的影響下，撞到高山，發現了一個男孩（塔卡洛）在一隻有耳的巨型烏龜（後來得知是絕跡的雕齒獸）的背上，最後卻意外發現真的有天上人居住的天上世界。天上世界的保護區保有了許多地上的已絕種動物。天上人因為擔心地上世界的人類再繼續這樣污染環境，地球遲早會滅亡，所以計畫實施「把地上世界的動植物和人類送到天上世界避難，再以大洪水將地上文明全部毀滅」的恐怖策略──「諾亞計畫」……。