故事延續《失落的帝國》Milo 與 Kida 留在亞特蘭提斯之後的情節，兩人和探險小組在調查幾艘貨船經過亞特蘭提斯北方海面的攻擊事件時，發現攻擊者並不是機器龍蝦，而是其他神秘的力量。 渡過這次危機之後，Kida 為了找出安排魔幻水晶的最佳方式，決定和 Milo 與探險隊員踏上旅程，查出當初父親為何要把水晶藏起來，讓他們的文明險些毀滅。另外他們也要做出選擇，該把魔幻水晶拿來運用？還是將它永遠隱藏起來？