某年的聖誕夜，大批民眾聚集到某棟大廈門外，抗議國家與庫贊共和國的純淨水合作計劃。與此同時，交通網絡以及相關電子系統遭到入侵而全面失靈，隨後更有維持治安的警察掏槍射擊抗議民眾。值此危急時刻，公安九課少校的草薙素子率領隊員巴特、陀古薩等人迅速展開行動，與恐怖分子和黑客展開連番惡鬥。這支個性滿滿且身懷絕技的機動部隊，還要追溯到2027年6月的某天。時任陸軍機密部隊501機關中佐的真室在街頭被人殺害，公安9課課長荒卷大輔在墓地與生化人草薙素子首次邂逅。後者接受荒卷的委託追查真相，在這一過程中和巴特等人邂逅。這正是一段傳奇部隊“攻殼機動隊”成立前夕的故事……