2027年6月6日，在熱鬧的市區街道上，屬於陸軍機密部隊501機關的真室中佐被殺，在這之前，他陷入一樁跟軍火買賣有關的貪污弊案，因此他的被殺事件背後有著無數的謎團。 在某個夜晚，警察單位的九課課長荒卷大輔想拿回真室的電子腦，因而在真室中佐的墳墓邊遇到了生化人草薙素子，這是他們第一次相遇。這個時候的草薙素子和真室中佐屬於同一單位，是名追查網路犯罪的軍人，熱切地希望能夠找出十分敬重的真室中佐的死因背後的真相。然而，棺材中已不見真室中佐的屍體……。 在此之後，草薙素子接受荒卷的委託而開始調查，並在有著重重阻礙的凶險查案過程當中，遇見了前特種部隊的一員：巴特；以及陀古薩，當時為一名刑警。 案情難以釐情清，猶如蒙上了一層紗，同時將草薙素子一行人引領到一個無法預測的情勢去……。