在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後、並且與貝利亞吸血魔獸戰鬥結束的3年後。2005年，17歲的八神太一已成為高中生。在御台場突然出現了「感染數碼獸」古加獸，以其為契機，太一一行人，與各自的搭檔數碼獸重逢。同時，在他們就讀的月島綜合高中里，新的「被選召的孩子們」，望月芽心轉學而來。太一一行人在御台場搜尋感染數碼獸的途中，與尋找緬因貓獸的芽心相遇。在與扭曲時空中出現的阿爾法獸爭奪緬因貓獸的過程中，太一與大和合力以奧米加獸擊退了阿爾法獸。此後，望月芽心與緬因貓獸成為大家的夥伴。