犬夜叉與殺生丸的父親犬大將在死後留下了三把牙刀，俗稱「三劍」，而這三把劍據說擁有能控制三界（天堂‧冥界‧人間）之力量。 這三把劍分別是犬夜叉持有的「鐵碎牙」、殺生丸持有的「天生牙」、以及在日暮籬家的日暮神社被當成寶劍供奉的第三隻牙「叢雲牙」。 叢雲牙其實是一把非常恐怖的魔劍，上頭附有千年的邪靈，一旦落到人類手上就會引發使這個世界走向毀滅的殺戮與戰爭。這把叢雲牙在被解除了長達七百年的封印後，隨即斬斷了區隔黃泉之國與人類世界的界線，黃泉之國的亡者們也因此而開始蠢蠢欲動。 為了打倒「叢雲牙」就得靠犬夜叉的「鐵碎牙」和殺生丸的「天生牙」，兩人一起同時使用絕招。究竟要如何才能讓這對關係很差的同父異母兩兄弟一起合作呢？