本次劇場中版作品的舞台，是在迎接 11 年一次的慶典即將到來之前，而在充斥著興奮及喧囂的正十字學園町中，為了防止惡魔的入侵，驅魔師們忙著佈下結界。另一方面，退治暴走幽靈列車的燐，在執行任務的途中遇上了以少年姿態現身的幼年惡魔……。失去的記憶、被解除的封印、充滿謎團的過去，記憶（潘朵拉）的箱子將被開啟……。