2002年から03年にかけて放送されたテレビアニメ「機動戦士ガンダムSEED」全48話に新作カットを追加して再構成した特別総集編3部作の第1弾（第1～21話で構成）。 C.E.（コズミック・イラ）70年。経済圏の確立を求めるコーディネーター（ザフト軍）とナチュラル（地球連合）の軋轢は、「血のバレンタイン」事件を引き金に武力衝突へと発展した。中立コロニーであるヘリオポリスの学校に通うコーディネーターの少年キラ・ヤマトは、ザフト軍によるガンダム奪取作戦に巻き込まれ、ザフトの軍人となったかつての親友アスラン・ザラと再会を果たす。しかしキラは友人を守るため、唯一奪取を免れたストライクガンダムに乗り込んでアスランと敵対することになる。 「機動戦士ガンダムSEED」および続編の「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」から続くシリーズ完結編の劇場版「機動戦士ガンダムSEED FREEDOM」の公開に伴い、2023年にHDリマスター版を劇場上映。