2002年から03年にかけて放送されたテレビアニメ「機動戦士ガンダムSEED」全48話に新作カットを追加して再構成した特別総集編3部作の第3弾（第41～最終話で構成）。 キラは戦いに終止符を打つべく、ザフトが開発した新型MSフリーダムガンダムに乗り込んで戦場へと向かう。そしてアスランもまた、平和を取り戻すためキラとともに戦うことを決意する。しかし、ブルーコスモスの盟主アズラエルを中心とする地球連合軍と、アスランの父であるプラント最高評議会議長パトリック・ザラが指揮するザフトが、核兵器を用いた惨劇を引き起こしてしまう。多くの命が散っていく中、アスランは父のもとへ向かい、キラは人類の破滅を望むラウとの一騎討ちに挑む。 「機動戦士ガンダムSEED」および続編の「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」から続くシリーズ完結編の劇場版「機動戦士ガンダムSEED FREEDOM」の公開に伴い、2023年にHDリマスター版（2019年製作）を劇場上映。HDリマスター版では、2004年にテレビ放送やDVD発売された既存のスペシャルエディションから、16：9＆HDサイズでの再撮影や再編集、既存カットの新規作画、再ダビングなどが行われている。