2002年から03年にかけて放送されたテレビアニメ「機動戦士ガンダムSEED」全48話に新作カットを追加して再構成した特別総集編3部作の第2弾（第22～40話で構成）。 地球連合軍の戦艦アークエンジェルは強敵アンドリュー・バルトフェルドとの対決後、ザフト軍の追撃から逃れるため、中立国オーブの首領の娘カガリとともにオーブへ向かうことに。その途中、カガリはアークエンジェルを追って地球に降下していたアスランと出会い、わずかに心を通わせる。やがてアスランはキラとの激しい戦いの末に彼を倒したかに見えたが、キラはザフトの歌姫ラクスのもとへ運ばれ一命を取り留めていた。 「機動戦士ガンダムSEED」および続編の「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」から続くシリーズ完結編の劇場版「機動戦士ガンダムSEED FREEDOM」の公開に伴い、2023年にHDリマスター版（2019年製作）を劇場上映。HDリマスター版では、2004年にテレビ放送やDVD発売された既存のスペシャルエディションから、16：9＆HDサイズでの再撮影や再編集、既存カットの新規作画、再ダビングなどが行われている。