テレビアニメ「機動戦士ガンダムSEED」の続編として2004年から05年にかけて放送された「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」全50話に新作カットを追加して再構成した特別総集編4部作の第2弾（第14～28話で構成）。 戦いが激化していく中、情勢の不安定なオーブではカガリが代表としての責務を果たすため、ユウナと結婚することを決める。一方、アスランも平和を取り戻すべく、ザフトへの復帰を決意する。しかし戦いが終わることはなく、アスランはキラと剣を交え、オーブはカガリの訴えも空しく地球連合と同盟を結ぶことになってしまう。 「機動戦士ガンダムSEED」「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」の続編となる劇場版「機動戦士ガンダムSEED FREEDOM」の公開に伴い、2023年にHDリマスター版を劇場上映。HDリマスター版は、2006年から07年にかけてDVD発売・テレビ放送された既存のスペシャルエディションを、16：9のアスペクト比とHD画質で再撮影したものになっている。