テレビアニメ「機動戦士ガンダムSEED」の続編として2004年から05年にかけて放送された「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」全50話に新作カットを追加して再構成した特別総集編4部作の第1弾（第1～13話で構成）。 地球連合とザフトとの1年半にわたる戦いは、ヤキン・ドゥーエ宙域戦をもって一旦の終結を迎え、世界は安定を取り戻しつつあった。オーブの代表首長となったカガリは、プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルとの極秘会談のため、アスランを伴いアーモリーワンを訪れる。しかしザフトが開発した新型ガンダム3機が地球連合の特殊部隊によって強奪される事件が発生し、世界は再び混迷の時代へと突入していく。 「機動戦士ガンダムSEED」「機動戦士ガンダムSEED DESTINY」の続編となる劇場版「機動戦士ガンダムSEED FREEDOM」の公開に伴い、2023年にHDリマスター版を劇場上映。HDリマスター版は、2006年から07年にかけてDVD発売・テレビ放送された既存のスペシャルエディションを、16：9のアスペクト比とHD画質で再撮影したものになっている。